Покемон: Судьба Деоксиса

События разворачиваются в городе ЛаРусс, где расположена известная битв-башня. Главный герой Сатоси прибывает туда для участия в сражениях покемонов. Его партнером становится мальчик по имени Тоой, который испытывает страх перед любыми покемонами из-за травмирующего события в прошлом. Это создает сложности в их взаимодействии во время битв.

Ситуация меняется, когда появляется покемон Деоксис. Он берет под контроль город, отключает механизмы и захватывает жителей в плен. В ответ на вторжение легендарный покемон Райкваза начинает действовать для защиты своей территории. Сатоси, Тоой и их друзья оказываются в центре конфликта между двумя могущественными существами. Исход противостояния зависит от их действий.