Безграничный Фафнир

После появления существ, названных драконами, социальный и природный порядок претерпел изменения. Вскоре после этого стали рождаться девушки, обладающие способностью управлять драконами - эту силу назвали "Д". Для обучения таких девушек была основана женская академия Мидгар. Главный герой, Ю Мононобэ, является единственным юношей, обладающим "Д". Его существование и способности держатся в секрете. В первый день в академии он случайно сталкивается с ученицей по имени Ирис в неловкой ситуации. Позже выясняется, что в академии также учится Мицуки - его младшая сестра, с которой они были разлучены в детстве.

Сюжет разворачивается вокруг обучения Ю в академии, где он пытается сохранить свою тайну и одновременно освоить управление драконами. Его отношения с Ирис и Мицуки становятся частью повествования. В процессе обучения раскрываются детали о природе силы "Д" и происхождении драконов. Персонажи сталкиваются с задачами, связанными с контролем своих способностей и взаимодействием с драконами. Развитие событий включает исследование прошлого Ю и его связи с другими обладателями "Д".