Дигимон: Дьяволомон наносит ответный удар

После событий, описанных в эпизоде 02, жизнь постепенно возвращается в привычное русло. Однако на компьютерных системах по всей Японии начинает появляться странный знакомый значок. Этот значок обнаруживается не только на компьютерах, но и на телевизорах, мобильных телефонах и игровых консолях — на любых устройствах с экраном, имеющих доступ к сети. Выясняется, что значок ищет Ягами Тайчи и Ишиду Ямато, которые победили его несколькими годами ранее. Этим существом оказывается Диабломон — вирусный цифровой монстр, побеждённый во втором фильме. На этот раз Диабломон научился создавать физические тела и отправляет тысячи своих копий в реальный мир.

Коширо и Кен разрабатывают план по окончательному уничтожению вируса. Для его реализации требуется помощь всех Избранных, как прошлых, так и нынешних. Ситуация вновь превращается в гонку со временем, чтобы остановить замысел Диабломона, хотя истинные цели монстра остаются неясными. Возрождение Омегамона может оказаться достаточным для повторной победы над Диабломоном, но миллионы копий способны дать ему силу, позволяющую игнорировать "Защитника справедливости цифровых монстров". При этом Диабломон не учитывает появление нового поколения Избранных и их новых способностей. Исход битвы решит судьбу Токио.